Syarikat Penerbangan Mandarin Airlines ditubuhkan pada Tarikh 1 Jun 1991, dan pada mulanya merupakan usaha sama oleh China Airlines (67%) dan Kumpulan Koos (33%); nama syarikat dalam bahasa Cina dibentuk oleh gabungan keduanya. [2] Penubuhan Mandarin Airlines berkait rapat dengan Ttatus politik Taiwan . Pada masa itu, syarikat induk Mandarin Airlines, China Airlines, masih berfungsi sebagai Syarikat Penerbangan pembawa bendera Republik China, dengan bendera Republik China sebagai bagian dari penyerahannya. Dengan menafikan kewujudan pemerintahan Taipei, Pihak Republik Rakyat China berusaha untuk memboikot kehadiran antarabangsa Syarikat Penerbangan China Airlines, dengan menggunakan halangan perdagangan untuk mencapai tujuan politiknya. Namun, bantahan RRC (Republik Rakyat China) tidak meluas kepada syarikat penerbangan Taiwan lain yang tidak membawa bendera ROC (Taiwan) . Sebagai kaedah untuk mengatasi had ini, Syarikat Penerbangan Mandarin Airlines ditubuhkan sementara Syarikat Penerbangan China Airlines mengekalkan peranannya sebagai syarikat penerbangan bendera.

Pada Tarikh 16 Oktober 1991, Syarikat Penerbangan Mandarin Airlines memulakan operasi dengan penerbangan terus (Tanpa Henti) dari Taipei ke Sydney di Australia . Langkah seterusnya adalah pembukaan laluan udara langsung ke Vancouver di Kanada pada Tarikh 7 Disember 1991. Oleh itu, Syarikat Penerbangan Mandarin Airlines menjadi syarikat penerbangan pertama Taiwan yang terbang terus ke Australia dan Kanada.[petikan diperlukan] Kumpulan China Trust menarik pelaburannya dalam Syarikat Penerbangan Mandarin Airlines pada Tarikh 31 Oktober 1992, menjadikan syarikat penerbangan tersebut menjadi syarikat yang dimiliki sepenuhnya oleh China Airlines (90.05%) menjelang Disember 1992. Juga, peranan Mandarin Airlines diubah menjadi peranan utama dalam syarikat penerbangan domestik dan jarak pendek intra-rantau, [2] selepas syarikat induk China Airlines dapat menegaskan kembali penekanannya pada laluan antarabangsa, kerana livery baharu sertakan bendera kebangsaan, dan dengan itu kurang mendapat bantahan dari pihak RRC (Republik Rakyat China).[petikan diperlukan][ <span title="This claim needs references to reliable sources. (June 2007)">petikan diperlukan</span> ]Pada Tarikh 8 Ogos 1999, Syarikat Penerbangan China Airlines secara rasmi menggabungkan anak syarikatnya, iaitu Syarikat Penerbangan Mandarin Airlines, dengan Syarikat Penerbangan Formosa Airlines dengan nama Mandarin. Mandarin mengambil alih operasi domestik dan pesawat milik Formosa sementara armada Mandarin dan sebahagian besar penerbangan antarabangsa dipindahkan ke Syarikat Penerbangan China Airlines. [2] Pada awal Tahun 2000, syarikat penerbangan itu membeli 5 buah Pesawat siri Dornier 228 dari Syarikat Penerbangan Uni Air untuk terbang ke laluan terpencil. Pesawat-pesawat ini dijual ke Syarikat Penerbangan Daily Air pada Tahun 2005, sebuah kapal induk helikopter di Taiwan yang telah memenangi tawaran untuk menerbangkan rute-rute yang kehilangan wang ini.[petikan diperlukan][ <span title="This claim needs references to reliable sources. (June 2007)">petikan diperlukan</span> ]Syarikat Penerbangan Mandarin Airlines dimiliki oleh Syarikat Penerbangan China Airlines (93.99%) dan mempunyai 630 pekerja (setakat Mac 2007). [3]